مناخ نيكاراغوا مداري في المناطق المنخفضة، شديد البرودة في المناطق المرتفعة، بصفة عامة. يزيد معدل المطر السنوي الذي يسقط على بعض مناطق إقليم المرتفعات الوسطى، على 250 سم، ويبدأ الفصل المطير، في هذا الإقليم، في مايو، ويستمر حتى نوفمبر، وتراوح معدلات درجات الحرارة فيه بين 16 و21 درجة مئوية. أما الإقليم الكاريبي، فتسهم الرياح التجارية الشرقية في هطْل أمطار، يُقدر معدلها السنوي بنحو 420 سم، فيما يقدر متوسط درجة الحرارة في الإقليم، بنحو 27 درجة مئوية.